Nanomachine
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Terme général pour les machines mesurant entre un micromètre (un millième de millimètre) et un nanomètre (un millionième de millimètre) et utilisant la technologie MEMS (Micro Electro Mechanical Systems). Un exemple de nanomachine serait un agrégat de protéines ressemblant en structure à un moteur artificiel utilisant des biomolécules comme l'ADN, les protéines et les résines comme pièces détachées.
Pendant l'incident de l'île de Shadow Moses, Naomi Hunter injecta des nanomachines dans le corps de Solid Snake, notamment une nanomachine pour lui fournir et lui administrer de l'adrénaline, des substances nutritives, du sucre, des nootropiques et de la benzédrine; une nanomachine pour recharger la batterie du système de communication; et une nanomachine pour lui transmettre le virus FOXDIE. Les nanomachines on également pour effet de restreindre les actions de leur hôte, comme tirer à l'aide d'une arme, et de stimuler les fibres musculaires de l'hôte en utilisant la mobilité ciliaire. Quatre ans plus tard, la deuxième génération de nanomachines injectées dans le corps de Raiden, qui avait réussi à s'infiltrer en solitaire dans la Big Shell, étaient plus avancées et leur fonction simultanée en tant que terminaux de réseau avaient été améliorées. Ces nanomachines prenaient également en charge des tâches comme le piratage à distance des terminaux et des nœuds connectés au réseau de soutien opérationnel de la Big Shell, la communication à l'intérieur du corps, la création dynamique d'hallucinations via les nanomachines intracrâniennes et la vérification et la gestion à distance des signes vitaux. Le nombre de personnes à qui l'on avait implanté des nanomachines augmenta également et presque toutes les personnes ayant un lien avec les Patriotes ou sous leur contrôle direct possédaient des nanomachines implantées dans leur corps.