Incident de Shadow Moses

Le soir précédent la signature attendu du traité START III (Strategic Arms Reduction Treaty) en 2005, l'unité de forces spéciales FOXHOUND lança une révolte armée pendant un exercice d'entraînement sur Shadow Moses, l'une des îles de l'archipel Fox, au large de l'Alaska. Ils prirent en otage le chef de la DARPA et le président d'ArmsTech, qui étaient sur l'île pour recueillir des données sur les tests d'un nouveau type d'armes. L'unité exigea une rançon au gouvernement américain en échange de leurs deux otages.

FOXHOUND avait effectué un lavage de cerveau des soldats génomes de l'unité de forces spéciales prochaine génération et s'était emparé du centre de traitement situé sur l'île. En s'appelant eux-mêmes "Les Fils de Big Boss", FOXHOUND devint une unité de francs-tireurs.

Les rebelles de FOXHOUND avait pour chef Liquid Snake. Les membres restants étaient Decoy Octopus, Psycho Mantis, Sniper Wolf, Vulcan Raven et Revolver Ocelot.

Leur seule exigence était de récupérer la dépouille du soldat de légende connu sous le nom de Big Boss.

En réaction, le gouvernement américain envoya un ancien membre de FOXHOUND, Solid Snake, en mission d'infiltration en solitaire.

Snake avait pour mission d'évaluer la capacité de frappe nucléaire de FOXHOUND, de les arrêter s'ils constituaient une menace réelle et de sauver les otages. On fit également appel à Roy Campbell, ancien chef de FOXHOUND, pour diriger l'équipe de soutien.

Snake s'infiltra sur Shadow Moses et entra en contact avec les otages, mais les deux finirent par mourir.

Même si Snake ne réussit pas à sauver les otages, il dévouvrit que le Metal Gear REX était en cours de développement sur l'île, et avec l'aide de la nouvelle recrue de FOXHOUND Meryl Silverburgh et d'un des ingénieurs du Metal Gear REX Hal Emmerich, il rechercha la clé PAL pour essayer d'éviter un lancement nucléaire.

La situation était extrêmement chaotique, entre la résistance formée par FOXHOUND et l'apparition inattendue et mystérieuse du Ninja Cyborg, qui ne semblait chercher rien d'autre que la bataille. Snake fut même à un moment capturé par FOXHOUND, mais il réussit à s'échapper. Il réussit finalement à obtenir la clé PAL et à détruire Metal Gear REX avec l'aide du Ninja Cyborg.

Liquid Snake voulait s'emparer de la dépouille de Big Boss pour trois raisons. Tout d'abord, Liquid était un clone de Big Boss. Ensuite, il voulait éliminer les effets secondaires de la thérapie génique qui affectaient les soldats génomes des forces spéciales. Troisièmement, il voulait créer une armée ultime en utilisant les gènes soldats du corps de Big Boss.

Solid Snake était aussi un clone de Big Boss, et Liquid parlait de lui comme de son frère. Liquid essayit de réécrire son propre destin en décodant la séquence des gènes de Big Boss. Armé de Metal Gear REX, il espérait également établir un nouvel Outer Heaven sur Shadow Moses et ainsi accomplir la dernière volonté de Big Boss.

Pendant la mission, on découvrit que Solid Snake était un vecteur du virus assassin FOXDIE. Le Pentagone voulait faire disparaître toutes les preuves de l'incident en utilisant FOXDIE pour se débarrasser des rebelles et du président d'ArmsTech, l'un des otages. Snake quitta l'île comme porteur du virus FOXDIE, tandis qu'Ocelot revendait sur le marché noir les secrets technologiques du Metal Gear REX.