Mission vertueuse

Commencée le 24 août 1964. En tant que première vraie opération de combat pour l'unité de forces spéciales américaine FOX, celle-ci mettait en jeu son existence future. Les objectifs de cette mission d'infiltration en solitaire à Tselinoyarsk, dans les montagnes de l'Union soviétique, était de libérer Sokolov, un scientifique travaillant sur le développement de la nouvelle arme Shagohod, et de l'escorter en Occident.

L'agent FOX Naked Snake entra en territoire soviétique en réalisant le premier saut HALO de l'histoire, puis commença son infiltration en solitaire. Il entra en contact avec le prisonnier Sokolov, et les deux hommes s'échappèrent. Cependant, Naked Snake tomba aux mains du Colonel Volgin du GRU et de The Boss, qui était passé des Etats-Unis au camp soviétique. Sokolov fut à nouveau capturé et emprisonné par le GRU. Naked Snake fut grièvement blessé, mais réussit à récupérer et retourna en Amérique en utilisant le Fulton Recovery System. Colonel Volgin utilisa alors les têtes nucléaires Davy Crockett qui lui avait donné The Boss pour détruire le bureau de design secret OKB-754 et fit accuser The Boss pour ce bombardement.