Opération Snake Eater

L'Opération Snake Eater commença le 30 août 1964, une semaine après la Mission vertueuse.

Ses objectifs étaient de récupérer Sokolov, de détruire le Shagohod qui venait d'être développé et d'éliminer The Boss, qui était passée dans le camp de l'Union soviétique.

Encore une fois, on fit appel à l'unité FOX, cette fois pour expier l'échec de la Mission vertueuse. Naked Snake commença son infiltration du territoire soviétique propulsé à haute altitude via un drone.

Les tractations secrètes entre l'Amérique et l'Union soviétique servaient encore de toile de fond à cette mission.

Lorsque le bureau de design secret OKB-754 fut touché par une frappe nucléaire, le gouvernement soviétique accusa l'Amérique car il avait détecté l'intrusion d'un avion de transport Combat Talon, le QG aérien de l'unité FOX, dans l'espace aérien soviétique pendant la Mission vertueuse. La bombe utilisée était la tête nucléaire miniature sans recul développée par les Américains et baptisée "Davy Crockett".

Les officiels américains quant à eux soutirent que c'était un acte renégat de The Boss, qui était passée dans le camp ennemi. L'Union soviétique exigea alors que le gouvernement américain élimine The Boss pour prouver l'innocence des États-Unis.

Si le gouvernement américain refusait, l'Union soviétique menaçait de passer de la Guerre froide à un combat direct et ouvert. Pour éviter le déclenchement de la Troisième Guerre mondiale, l'Amérique n'avait pas d'autre choix que d'offrir The Boss en sacrifice.

Le gouvernement soviétique de Khrouchtchev promit de soutenir cette opération en voyant ADAM, un espion du KGB et un ancien de la NSA. Le gouvernement faisait son rapport à Naked Snake sur les actions du Colonel Volgin du GRU (sous Brejnev) qui avait kidnappé Sokolov.

Le vrai but du gouvernement américain dans l'Opération Snake Eater était de s'emparer de l'Héritage des Philosophes, alors sous le contrôle du Colonel Volgin. Pendant la Mission vertueuse de 1964, les États-Unis avaient mis en scène le passage au camp ennemi de The Boss et l'avaient mise en contact avec Volgin, en espérant s'emparer de l'Héritage des Philosophes. Mais en raison de l'imbroglio politique qui s'ensuivit, The Boss fut forcée de sacrifier sa propre vie.

The Boss était prête à mourir entre les mains de l'agent du gouvernement américain, Naked Snake. L'Opération Snake Eater consistait à échanger la vie de The Boss contre le pardon politique de l'Amérique et l'acquisition d'une énorme réserve de fonds secrets. Si Naked Snake réussit à s'emparer de l'Héritage des Philosophes, le directeur de la CIA déclara au gouvernement que la mission avait été un échec, et conserva les fonds pour son usage personnel.