Raiden

In seguito, Raiden inizia a convivere con Rosemary, ma i tragici ricordi del suo passato di bambino soldato iniziano a riaffiorare, provocando tensione nel loro rapporto e portandolo infine ad andarsene.

Raiden viene a sapere che la figlia di Olga, Sunny, è tenuta prigioniera nell'Area 51.

Con l'aiuto dell'Esercito del Paradiso Perduto, un gruppo di resistenza anti-Patriots, riesce a salvare Sunny.

Venuto a conoscenza dell'aborto di Rosemary e del suo nuovo matrimonio con Roy Campbell, Raiden si lascia prendere dallo sconforto. Affida Sunny a Hal Emmerich e Solid Snake, e si dedica al recupero dei resti di Big Boss dalle mani dei Patriots per conto dell'Esercito del Paradiso Perduto, finendo per farsi catturare.

Prigioniero dei Patriots, Raiden viene usato come cavia per diversi esperimenti chirurgici di potenziamento dell'esoscheletro.

Raiden partecipa suo malgrado alla ricerca del soldato perfetto dei Patriots, proprio come, prima di lui, Gray Fox era stato trasformato nel Ninja cyborg, mediante l'uso di droghe e potenziamenti.

Grazie all'aiuto dell'Esercito del Paradiso Perduto, Raiden riesce a fuggire dalla prigionia e, dopo essersi sottoposto a un intervento di rimozione delle nanomacchine iniettategli, a recuperare i resti di Big Boss dai Patriots. Tuttavia, i potenziamenti impiantati nel corpo di Raiden sono troppo estesi per permettergli di vivere una vita da uomo normale, e, pertanto, decide di scomparire dalla vita della sua fidanzata, Rosemary.

Vagando per il mondo, Raiden studia le tecniche esplorative sotto la guida di uno sciamano pellirossa che vive in Alaska, imparando anche a cacciare.

Una volta ricevuto l'ordine da parte di Big Mama di assistere Solid Snake e di condurlo dai Soldati del Paradiso Perduto, Raiden scende nuovamente sul campo di battaglia.

30 aprile 2007
Addestramento in RV
Area 51
Emma Emmerich
Esercito del Paradiso Perduto (MGS4)
Esploratore (MGS4)
FOXHOUND
Fatman
Hal Emmerich
Il Colonnello (IA)
Il piccolo John (MGS4)
Iroquois Pliskin
Jack lo squartatore
James Johnson
Katana
Mr. X
Nanomacchine
Nodo
Nuova FOXHOUND
Olga Gurlukovich
Rosemary
Sangue bianco (MGS4)
Sensore antibomba
Simulazione Solid Snake
Sistema di marcatura ID
Skull Suit
Solid Snake
Solidus Snake
Spada ad alta frequenza
Squadra 10 dei SEAL della Marina
Sunny (MGS4)
Tuta mimetica Sneaking Suit
Vamp