Sistema di marcatura ID

Sulla Big Shell, Raiden non riesce a utilizzare le armi nemiche, poiché queste sono marcate da ID e dotate di dispositivi di riconoscimento personale. Le armi marcate da ID sono programmate con dati identificativi durante il processo di registrazione dell'arma o all'inizio di un'operazione: se il grilletto viene premuto da un utente diverso da quello registrato, l'arma non spara. Per usare le armi della Big Shell, Raiden è costretto a cercare delle "armi nude", senza marcatura ID.