Naomi Hunter

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La massima autorità mondiale nel campo della terapia genica ed ex ufficiale medico capo dell'unità FOXHOUND. È un'appaltatrice civile inviata dall'ATGC per sovrintendere alla terapia genica per i membri della FOXHOUND e per i Soldati Genomici. È anche un'esperta di tecnologia delle nanomacchine ed era incaricata del monitoraggio dei segni vitali di Solid Snake durante l'incidente di Shadow Moses nel 2005. I colleghi la chiamano affettuosamente "Dottoressa Naomi". Oltre alla ricerca genetica, coltiva rose blu.


Naomi ha inventato una tecnica chiamata bersagliamento genico e l'ha usata per creare il virus assassino FOXDIE, su richiesta della DIA. Quando inietta peptidi antigelo a Solid Snake, inietta anche il FOXDIE. La CIA le ordina di usare Snake come vettore per FOXDIE. I bersagli sono i due ostaggi su Shadow Moses, il capo di DARPA e il presidente di ArmsTech, oltre ai membri dell'unità FOXHOUND.


Sostiene che il padre è stato un agente dell'FBI sotto J. Edgar Hoover, tuttavia mente. In realtà Naomi è un'orfana dalla Rhodesia, salvata da Gray Fox sotto lo pseudonimo di Frank Hunter. Big Boss ha aiutato lei e Gray Fox a emigrare in America e i due hanno vissuto insieme come fratello e sorella fino a quando ha iniziato l'università. Nutre risentimento contro Solid Snake per la morte di Gray Fox e in segreto vuole programmare FOXDIE contro Snake. Tuttavia il suo piano viene scoperto e Naomi viene arrestata nel mezzo della missione di Shadow Moses, con l'accusa di tradimento, e tradotta in un carcere federale. Dopo l'incidente di Shadow Moses, emerge che dopotutto Snake non è un bersaglio per il virus FOXDIE.