Insurrection de Zanzibarland

En 1999, la veine terroriste de la nation d'Asie centrale de Zanzibarland prit des dimensions telles qu'elle devint incontrôlable. Ce qui avait commencé comme des actions pour s'emparer des centres de traitement des armes nucléaires dans le monde pour s'assurer une supériorité militaire évolua pour devenir une volonté de gagner une supériorité économique en kidnappant le Dr. Kio Marv, le célèbre biologiste tchèque qui avait développé le micro-organisme OILIX capable de raffiner le pétrole.

Alarmé par cette situation, le gouvernement américain fit appel à FOXHOUND et lança l'Opération Intrude F014. Solid Snake avait quitté le service actif pour partir à la retraite mais Roy Campbell, commandant de FOXHOUND, le rappela pour reprendre du service, s'infiltrer à Zanzibarland et libérer le Dr. Kio Marv. On donna à Snake un radar détecteur de mouvements et il fut aidé par contact radio par le formateur en survie de FOXHOUND Master Miller, l'expert de la faune et de la flore de Zanzibarland Johan Jacobsen et par George Kessler pour les renseignements.

Snake entra en contact avec Holly White, un agent de la CIA qui était sur le point de s'infiltrer dans la Tour de Zanzibarland et Gustava Heffner, qui protégeait le Dr. Kio Marv. Il réussit à battre les mercenaires Running Man, Night Fright, Jungle Evil, Black Ninja, Red Blaster et les Four Horsemen, et retrouva le Dr. Drago Pettrovich Madnar, qui lui communiqua le nom du chef militaire de Zanzibarland.

Le chef de Zanzibarland n'était autre que l'ancien commandant de FOXHOUND Big Boss. Big Boss avait été battu par Solid Snake à Outer Heaven mais allait être ressuscité par le projet Snatcher du Dr. Madnar. Après avoir survécu à la destruction d'Outer Heaven, il a travaillé en secret sur la création d'un monde de conflits où les soldats auraient enfin une raison de vivre.

Snake comprit que le Dr. Madnar était un traître en découvrant le corps torturé du Dr. Kio Marv. Après avoir battu le Dr. Madnar, Snake affronta le Metal Gear D, piloté Gray Fox, qui avait disparu suite à la révolte d'Outer Heaven. Snake détruisit le Metal Gear D puis affronta Gray Fox dans un combat au corps à corps dans un champ de mines. Leur raison de vivre allait être mise en jeu sur un champ de bataille mortel.

Après avoir battu Gray Fox et Big Boss, il semblait que Solid Snake avait disparu de la surface de la Terre.