Solid Snake
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En 2005, l'armée américaine rappelle Solid Snake et lui demande d'aller apaiser l'incident de l'île de Shadow Moses.
Les événements de Shadow Moses ont été déclenchés par l'infiltration sur l'ile de l'ancienne unité de Solid Snake, venue prendre le contrôle d'installations d'armes nucléaires. Solid Snake doit de se voir attribuer la tâche de reprendre l'ile à ses connaissances de l'unité FOXHOUND.
Le chef de l'unité rebelle FOXHOUND n'est autre que Liquid Snake. Que veut-il? La dépouille de Big Boss. Solid Snake est chargé d'évaluer sa capacité nucléaire et de porter secours aux otages, nommément Kenneth Baker, président d'ArmsTech et Donald Anderson, Chef de la DARPA.
Solid Snake s'infiltre, seul, dans les installations d'évacuation nucléaire de Shadow Moses. Avec l'aide de Hal Emmerich, développeur de Metal Gear et de Meryl Silverburgh, nouvelle recrue de l'unité FOXHOUND, incarcérée pour avoir refusé de coopérer à la rébellion, il localise Metal Gear REX, tank bipède ambulant à capacité nucléaire mis au point en secret par l'armée américaine et le fabricant d'armes ArmsTech. Grâce, en partie, à l'aide de Gray Fox rebaptisé Ninja Cyborg, il parvient à éliminer les membres de FOXHOUND responsables de la révolte et détruit Metal Gear REX.
Mais sa mission n'est qu'un complot minutieusement élaboré par le Pentagone. Suite aux efforts secrets, dirigés par la CIA, de la généticienne Naomi Hunter, le corps de Solid Snake sert de véhicule au virus assassin FOXDIE. Solid Snake n'a été envoyé sur le terrain que pour servir de vecteur au virus FOXDIE, dans le but d'exterminer les otages au courant du véritable objectif du projet Metal Gear et les membres de FOXHOUND.
Bien que le virus FOXDIE parvienne à éliminer Liquid Snake et les autres cibles prévues, son vecteur pathologique. Solid Snake, disparaît corps et âme avec la nouvelle recrue de FOXHOUND Meryl Silverburgh. C'est la dernière opération à laquelle Solid Snake acceptera de participer officiellement pour l'armée.