Big Boss
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Mais Big Boss n'est pas encore complètement mort. Les Patriotes se serviront de nanomachines et de la cryogénie pour préserver secrètement sa dépouille biologiquement morte. Le code génétique de Big Boss sera utilisé pour le système d'identification Sons of the Patriots, rouage déterminant du contrôle mondial exercé par les Patriotes. Liquid Ocelot, EVA (Big Mama) et Naomi Hunter élaborent néanmoins un plan baptisé BIGBOSSALIVE, pour ressusciter Big Boss. Revenu à la vie, Big Boss retrouve son clone Solid Snake, attrape le virus FOXDIE planté par les Patriotes et meurt sans espoir de retour.