Incident de San Hieronymo
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L'antagonisme s'envenime entre la CIA, organisation mère de l'unité FOX et le Ministère de la Défense. Dans un contexte où la CIA exerce une influence de plus en plus évidente sur les affaires militaires américaines, de tentative d'invasion de Cuba et d'opérations secrètes au Nord du Vietnam, le Pentagone subodore l'imminence de la crise. En 1970, le Pentagone fomente un complot dont le théâtre sera la péninsule de San Hieronymo, dans le but de faire du tort à la CIA. Son programme n'est pas des plus simples: premièrement, il s'agira d'isoler FOX en kidnappant un Metal Gear en transit, de kidnapper le héros légendaire Naked Snake et de l'envoyer à San Hieronymo. Ensuite, il serait opposé à l'unité FOX, acculant Gene et le forçant à lancer le Metal Gear Balistique Intercontinental. De fabrication soviétique, le MGBIC serait lancé d'une base soviétique, sur l'Union soviétique. Les soviétiques ne seraient pas en mesure de condamner publiquement les États-Unis. Le Pentagone s'arrangerait pour provoquer la chute de la CIA en la faisant passer pour une agence de renseignement incontrôlable. Quant à Cunningham, complice du Pentagone, il se chargerait d'effacer les preuves à l'aide d'un missile Davy Crockett. Voilà pour la théorie.
Naked Snake parviendra effectivement à annihiler l'unité FOX, mais le projet de lancement d'une attaque nucléaire contre l'Union soviétique et de détruire la base de San Hieronymo échouera. Par ailleurs, le directeur de la CIA se fera assassiner à Langley, événement qui sèmera la confusion au sein du gouvernement des États-Unis.